经历了动荡的明治维新，日本迎来新的时代。在明治政府第十个年头，不祥的气息弥漫东京。恶德实业家武田观柳（香川照之饰）操纵女医师高荷惠（苍井优饰）研制新型鸦片，公开招揽落魄武夫，大肆收购周边土地，有条不紊地实现他的狼子野心。在此期间，以刽子手拔刀斋之名滥杀无辜的鹈堂刃卫（吉川晃司饰）引起了前新選组头目斋藤一（江口洋介饰）的注意，也迫令隐姓埋名多年的拔刀斋本尊绯村剑心（佐藤健饰）登场。寄居在神谷道场的绯村渐渐融入神谷薫（武井咲饰）和周边庶民的平和生活之中。然而武田欲壑难平，为了保护善良的人，剑心不得不拔出逆刃刀和相乐佐之助（青木崇高饰）勇闯虎穴……